1999年1月，東莞農村商業銀行獲中國人民銀行批準加入全國同業拆借市場，從事同業拆借、債券回購、現券買賣等業務，是全國首批加入同業拆借市場的地方金融機構之一。目前，東莞農村商業銀行是財政部記賬式國債和儲蓄國債承銷團團員，是國家開發銀行和中國進出口銀行的金融債承銷團成員，同時也獲得了廣東省地方政府債券和非金融企業債務融資工具的承銷資格。
多年來，東莞農村商業銀行各項業務取得了長足發展，在金融市場中樹立了良好的市場形象。2015年-2018年， 連續四年被中央國債登記結算有限責任公司評為優秀自營機構;連續四年被全國銀行間同業拆借中心評為年度銀行間本幣市場活躍交易商稱號。2017年，被中央國債登記結算有限責任公司評為優秀發行機構；被上海清算所評為年度債券凈額自營清算優秀單位。
東莞農村商業銀行金融市場部分設投資交易業務中心、金融同業業務中心、結算與風險管理中心，擁有一支熟悉國際國內金融市場、理論素養和實踐能力較高的金融市場業務團隊。
